Pondok Pesantren Hudaatul Umam didirikan pada tahun 1963. Pondok Pesantren Hudaatul Umam dibangun dengan semangat dan komitmen untuk mengabdi kepada Allah Swt. dan didasari dengan komitmen untuk menciptakan manusia muslim yang beriman serta bertaqwa kepada Allah SWT, berakhlakul karimah, berilmu, cakap, terampil dan bertanggung jawab dalam mengamalkan ilmu pengetahuannya serta mempunyai kepedulian sosial terhadap umat dan bangsanya.
Pondok Pesantren Hudaatul Umam tidak berdiri langsung dengan berbagai fasilitas di dalamnya seperti sekarang ini, namun didirikan dengan sangat sederhana yaitu bangunannya terdiri dari kayu dan bambu. Sistem pengajarannya klasik-tradisional dengan beberapa kajian kitab salaf telah menjadi ciri khas pengajaran di Pondok Pesantren Hudatul Umam di era 60-an dan era 70-an. Tradisi pengajaran seperti ini sebagiannya masih terus berlanjut hingga sekarang.
Seiring dengan perubahan tatanan kehidupan masyarakat pada era 80-an dari masyarakat agraris ke masyarakat industry menjadikan kebutuhan terhadap tenaga terdidik menjadi sangat besar. Hal ini merupakan dampak dari berdirinya industry besar maupun kecil di wilayah Tangerang.
Sebagai manifestasi dari rasa tanggung jawab Pondok Pesantren Hudaatul Umam terhadap arti kehadirannya ditengah-tengah masyarakat, Maka perlu didirikan sekolah-sekolah formal yang didukung oleh situasi belajar, mengkaji, menganalisa, serta berlatih secara intensif yang didukung oleh sarana kelengkapan edukasi sehingga lembaga tesebut tetap ajeg keberlangsungannya serta mampu menjawab tantangan kebutuhan masyarakat, serta berkomunikasi dengan lembaga pendidikan dan sosial lainnya, maka pada tahun 1986 Pondok Pesantren Hudatul Umam mulai merintis pendidikan formal dengan mendirikan Madrasah Ibtidaiyah (MI).
Alhamdulillah Madrasah Ibtidaiyah sejak didirikannya pada tahun 1986 sudah meluluskan 475 orang siswa hingga saat ini. Disusul kemudian pendirian Madrasah Aliyah (MA) pada tahun 1992 dan sudah meluluskan 545 orang. Dari dua penyelenggaraan pendidikan formal yaitu Madrasah Ibtidaiyah dan Madrsah Aliyah itulah dijadikan hari jadi Pondok Pesantren Hudaatul Umam tepatnya pada bulan Juni 1992, karena tahun 1992 itulah merupakan titik awal kebangkitan Pondok Pesantren Hudatul Umam. Untuk itulah maka pada setiap bulan juni setiap tahunnya Keluarga besar Pondok Pesantren Hudaatul Umam selalu memperingati hari jadinya dengan mengadakan Tasyakuran sekaligus kenaikan kelas I & II, serta pelepasan siswa kelas III.
Selanjutnya untuk memenuhi tuntutan kebutuhan masyarakat akan pendidikan dasar dan ikut serta mendukung program pemerintah mencerdaskan bangsa dengan program WAJARDIKDAS 9 tahun , maka Pondok Pesantren Hudaatul Umam membuka jenjang pendidikan tingkat SLTP yaitu Madrasah Tsanawiyah (MTs) pada tahun 1994 dan alhamdulillah sampai pada tahun ajaran 2008/2009 ini telah meluluskan sebanyak 1140 orang siswa. Kemudian pada tahun 2003 dibuka Raudhatul Athfal (RA) dan sampai pada tahun ajaran 2008/2009 ini sudah mewisuda 122 orang siswa.
Dengan adanya Undang-undang nomor 20 tahun 2003 tentang sistem pendidikan Nasional menjadikan Madrasah adalah sekolah umum berciri khas agama Islam setara denagn SMP, SMA, maupun SMK, maka otomatis porsi jam untuk pendidikan agama menjadi berkurang, sementara virus-virus yang mengerogoti mental dan moral generasi muda kita tidak terbantahkan lagi semakin deras dan semakin membahayakan, maka sistem belajar formal yang klasikal saja menurut kami belumlah cukup Karena pada umumnya, proses kegiatan belajar klasikal lebih menitik beratkan pada transformasi pengetahuan dan pengembangan ranah kognitif saja, sementara ranah afektif dan psikomotorik yang merupakan inti dari implementasi nilai-nilai kognitif banyak diabaikan. Sehingga hal ini bermuara pada terjadinya kesenjangan antara pengetahuan dan nilai perilaku, dimana tidak sedikit ditemukan orang yang baik dalam kecerdasan intelektual tapi terbelakang dalam kecerdasan emosional dan spiritual.
Penguasaan tiga kecerdasan (kecerdasan intelektual, kecerdasan emosional dan kecerdasan spiritual) merupakan tujuan utama bagi pendidikan Pondok Pesantren Hudatul Umam. Untuk itulah, dalam upaya merealisasikan konsep pembinaan ketiga kecerdasan di atas, Pondok Pesantren Hudatul Umam mencoba melakukan berbagai inovasi dengan dibukanya Pendidikan Diniyah (tingkat Ula, Wustha dan ‘Ulya), Program Strata 1 (S1) dan Strata 2 (S2).
Tahun 2009 merupakan titik tolak perjalanan Pondok Pesantren Hudatul Umam menuju sebuah lembaga yang komprehensif, yang diharapkan mampu menjawab tantangan zaman, sekaligus memenuhi kebutuhan masyarakat akan pentingnya life skill dan pendidikan akhlak, terutama dalam menghadapi abad millennium sekarang ini.
Dibukanya Pendidikan Diniyah yang dilaksanakan di luar jam belajar formal, bertujuan untuk mengembangkan tingkat kecerdasan emosional dan spiritual peserta didik. Dengan dibukanya Program Diniyah ini, diharapkan para peserta didik memiliki multi kompetensi (Kognitif, Afektif dan Psikomotorik), sehingga diharapkan muncul generasi-genarasi bangsa yang mampu mengemban sekaligus melanjutkan estafet pejuangan Rasulullah Saw. dalam mengembangkan nilai-nilai akhlakul karimah.